مهم‌ترین موضوع اینکه با تفکیک این دو وزارت، سیاستگذاری‌‌‌ها همسو نبود و دو وزارتخانه به مثابه دو جزیره جدا از هم بودند و برنامه‌‌‌های آنها با هم انطباق نداشت و یکسان پیش نمی‌‌‌رفت. این موضوع به هر دو سو آسیب می‌‌‌زد و هم تجارت و هم تولید تحت فشار بودند. موضوعات تعیین عوارض وارداتی، سیاست‌‌‌های حمایت از واردات مواد اولیه، تجهیزات و ماشین‌آلات اهمیت زیادی دارند و قاعدتا وزارت بازرگانی وقت برای این مسائل یک‌سری برنامه‌‌‌ها داشت.
از سوی دیگر این سیاست‌‌‌ها منطبق با برنامه‌‌‌های تولید نبودند. بنابراین برای همسویی سیاست‌‌‌ها و حمایت از صادرات و کمک به واردات برخی ملزومات تولید، این ادغام انجام شد تا سرعت عمل بالا رفته، ضریب خطا پایین بیاید و سیاست‌‌‌های حوزه بخش خصوصی در تولید و تجارت در یک مسیر حرکت کنند. در کشورهای زیادی از دنیا می‌‌‌بینیم که مانند ما، همه وزارتخانه‌‌‌ها تجمیع شده‌‌‌اند و با نام وزارت تولید و تجارت یا وزارت اقتصاد کار می‌کنند. این کشورها از ما صنعتی‌تر و پرجمعیت‌تر هستند و اقتصادی بزرگ‌تر از ما دارند. وی افزود: در کشور ما تصور می‌شود هرمشکلی که وجود دارد تنها مختص وزارت صنعت، معدن و تجارت است. بسیاری از این مشکلات مربوط به این وزارتخانه نیست. مشکلات ما در بانک‌مرکزی، وزارت اقتصاد، گمرک جمهوری اسلامی، بانک‌ها و تامین اجتماعی هستند که هیچ‌کدام این سازمان‌ها ذیل وزارت صمت نیستند و به آنها، مشکلات تحریمی هم اضافه می‌شود. موضوعی مانند خودرو به دلیلی همچون تحریم، کمبود ارز و انحصار خودروسازان به دلیل سیاست‌‌‌های تعیین‌شده را به نوعی جلوه می‌‌‌دهیم که گویا مشکلات تنها مربوط به صمت است. در این حالت است که ایده تفکیک به دلیل حل این مشکلات مطرح می‌شود.
اما این مشکلات مربوط به این وزارتخانه نیستند که بخواهیم با تفکیک آنها را جبران کنیم. اگر در چارت سازمانی وزارتخانه وزیر توانمندی داشته باشیم که معاونانش به‌خوبی بتوانند سیاست‌‌‌های صنعت، معدن و تجارت را پیاده کنند و وزیر نقشی تنظیم‌‌‌گر داشته باشد، آن موقع می‌‌‌توانیم بگوییم وزارتخانه موفقی داریم. وقتی وزارتخانه‌‌‌ای را تفکیک کنیم، یک‌سری ساختمان‌‌‌های جدید، مدیرکل‌‌‌های جدید و معاونان جدید را باید اضافه کرد. این موضوع چه فایده‌‌‌ای دارد؟ اگر بحث پاسخگویی است که وزیر توان پاسخگویی دارد. در بحث تامین مرغ و گوشت مردم از وزارت صمت سوال پرسیدند اما اصلا این وزارتخانه متولی این مشکلات نیست. برخی مشکلاتی که وجود دارد اصلا مربوط به این وزارتخانه نیست که بخواهیم با تفکیک، این مشکلات را حل کنیم. چه سازوکاری در حال حاضر وجود ندارد که با تفکیک به وجود می‌‌‌آید؟ وزارت جهاد کشاورزی در دوره‌‌‌ای با واردات بدون بررسی وجود کالا در ایران، باعث شد تا ۳۰۰کارخانه تولید کود ورشکسته و تعطیل شوند. این ناهماهنگیهای بین دستگاهی، ربطی به یک دستگاه که حتی متولی موضوع مربوطه نیست ندارد.